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碳源-玉米淀粉及其水解液是抗生素、氨基酸、核昔酸、酶制剂等发酵中常用的碳源。马铃薯、小麦、燕麦淀粉等用于有机酸、醇等生产中。液化淀粉可被微生物产生的胞外淀粉酶和糖化酶逐步分解成葡萄糖，被菌体吸收利用。 根据微生物利用碳源速度的快慢，可将碳源分为速效碳源（readily metabolized carbon source），如葡萄糖、燕糖；迟效碳源（gradually metabolized carbon source），如乳糖、淀粉。葡萄糖等易被菌体迅速利用的糖类对许多产物合成有反馈调节作用，应注意控制其浓度，或与被菌体缓慢利用的多糖组成混合碳源，有利于目标产物的合成。如青霉素发酵中，葡萄糖能阻過青霉素的合成，而乳糖对青霉素的合成几乎无阻過作用。如果采用成本较低的葡萄糖作为青霉素合成的碳源，需采用流加等控制方式。
碳源 平时我们所用的培养基一个重要参数就是碳氮比，细菌的供能物质来自碳源，当氮源高时相对碳源低，细菌没有充足能量合成蛋白质和进行生命活动，生长也就慢了。碳氮比在我们的种植、发酵过程中，是不可忽视的指标。若碳氮比适中，则微生物分解速度快，净化能力就强。结合当前高密度养殖的实际情况不难看出，越是使用高蛋白的饲料，池塘中碳源的缺乏就越加严重，适时适量补充有机碳源就显得更加必要。因为我们投喂的饲料中的蛋白质，能消化吸引的只有20%-25%，剩下的氮要靠我们的有益微生物和藻类吸引。但是有益微生物和藻类转化掉这些东西需要消耗掉大量的碳源，像有益微生物适宜生长繁殖的碳氮比为（20-30):1，藻类则是6：1，两者平衡起来，养殖水体较为理想的碳氮比为15：1。
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碳源 现代研究认为碳氮比小于10，异养细菌优先利用有机氮，养殖水体氨氮增加，如果碳氮比大于10异养细菌可同时利用有机氮和无机氮，消耗铵态氮。异养细菌数量的增加，有利于形成生物絮团，其中包括细菌，藻类，有机物，原生动物，浮游动物等。在适合的碳氮比及溶解氧情况下，不需要额外添加异养细菌，细菌就会自行繁殖生长，达到控制水体环境的目的。一般认为水产养殖中合适的碳氮比水平在10-15:1，越是使用饲料蛋白高的饲料，水体中也就越缺乏碳源，所以适时适量补充碳源尤为重要。
