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碳源-玉米淀粉及其水解液是抗生素、氨基酸、核昔酸、酶制剂等发酵中常用的碳源。马铃薯、小麦、燕麦淀粉等用于有机酸、醇等生产中。液化淀粉可被微生物产生的胞外淀粉酶和糖化酶逐步分解成葡萄糖，被菌体吸收利用。 根据微生物利用碳源速度的快慢，可将碳源分为速效碳源（readily metabolized carbon source），如葡萄糖、燕糖；迟效碳源（gradually metabolized carbon source），如乳糖、淀粉。葡萄糖等易被菌体迅速利用的糖类对许多产物合成有反馈调节作用，应注意控制其浓度，或与被菌体缓慢利用的多糖组成混合碳源，有利于目标产物的合成。如青霉素发酵中，葡萄糖能阻過青霉素的合成，而乳糖对青霉素的合成几乎无阻過作用。如果采用成本较低的葡萄糖作为青霉素合成的碳源，需采用流加等控制方式。
碳源 碳氢化合物 石油产品可以作为某些微生物发酵的碳源。石油产品在单细胞蛋白、氨基酸、核昔酸、有机酸、维生素、酶类、糖类、抗生素等发酵中均有研究。由于成本、市场、安全性等因素投入工业化生产的很少。随着石油资源的减少和环境问题的日趋严重，可以预期围绕碳氢化合物的生物利用、转化、降解等相关研究会受到更多的重视。 复合碳源作为一种新型的生物碳源，可以促进水处理的反硝化脱氮效果、增强异样菌群的繁殖能力，很大程度上提高了污水氮去除效果。复合碳源的生物利用率高，可以让异样菌群快速繁殖，加快了污水处理效率。
