目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源及污泥水解上清液等。在使用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。 甲醇作为外碳源具有运行费用低和污泥产量小的优势，在甲醇碳源不足时，存在亚硝酸盐积累的现象。以甲醇为碳源时的反硝化速率比以葡萄糖为碳源时快3倍，其 碳氮比（COD：氨氮）为 2.8～3.2 。 但甲醇作为外加碳源时，有以下3点问题需关注： 甲醇易燃，为甲类危化品，储存和使用均有严格要求。特别是其储存需报当地公安部门备案审批，手续繁琐。

复合碳源, 含微生物促升剂, 含微生物微量元素, 更适合微生物生长和繁育, 更加的处理水中污染物, 在细胞体内进行反硝化时作为电子供体, NOx-N 为电子受体, 其生化途径具有多条途径, 不会受到某些途径中关键酶的影响, 减少了碳源用于其它代谢途径的损耗。 复合碳源强化生物脱氨除磷机理: 在厌氧环境下, 通过发酵得到乙酸盐和丙酸盐, 同时将 VFAs 转化成 PAH, 并伴随着正磷盐的释放。其次, 厌氧条件下, 无论是否有正磷盐的释放, 有机高分子都将终被转化成PAH, 复合碳源通过促进聚磷菌和反硝化聚磷菌在厌氧、好氧交替状态下迅速生长, 使其好氧吸磷量大大超过厌氧释磷量, 即增强微生物对磷的内吸收, 并在好氧末端通过对富磷污泥的排放, 达到除磷的效果。反硝化菌是属于异养型兼性厌氧菌, 在缺氧的条件下以 NOx-N 电子受体, 以有机物为电子供体, 反硝化菌利用碳源将亚硝酸盐氨, 硝酸盐氮还原成气态氨(N2). 复合碳源作为有机物为电子供本, 可有效的给反硝化菌提供能量, 加强反硝化反应进行脱氮。